失敗例

/***************************************************************
 *  読込用CSS
 ***************************************************************/
@charset "utf-8";

@import url(base.css);
@import url(layout.css);
@import url(style.css);

@charset の上にコメントや余分な空行があるとCSSが適用されませんでした。

成功例

@charset "utf-8";

/***************************************************************
 *  読込用CSS
 ***************************************************************/

@import url(base.css);
@import url(layout.css);
@import url(style.css);

@charset を一番最初の行に書くようにするにすることで、解決しました。

初歩的ですがiPad以外では適用されていたので見落としがちでした。